2.1取出集菌培育器先查看包装是否完好无缺，在无菌室翻开无菌包装袋。
2.2将集菌培育器逐一放在不锈钢座上。
2.3将集菌培育器的导管装入智能集菌仪泵头，要求定位准确，导管走势顺利。
2.4翻开带检样品，刺进针孔并消毒，然后将样品瓶定位。
2.5拔去进样双芯针管的护套，刺进样品中，按“Run”键，敞开集菌仪，再按“40R”“ 60 R”“ 160R”“ 240R”调理所需转速；按“Up”“Down”键可上下调理转速，施行过滤集菌（应防止双芯针管进气滤膜被药液浸湿，影响进气）。
2.6完结集菌后，若样品含抑菌物质，用适当缓冲液清洗，清洗办法与集菌进程相同。
2.7启开培育基的铝盖，插针孔并消毒。
2.8摘下顶部空气滤器开口的胶塞，将集菌培育器底部滤器开口塞上胶塞，用止血钳顺次开闭软管，敞开集菌仪，将培育基泵入的集菌培育器。
2.9用小夹子夹闭与培育器衔接部的导管，留下5-6cm导管，检出其余部分，并将开口端刺进在空气滤器开口上。
2.10别离按规则进行培育，并调查培育状况。
2.11当替换检品和完结过滤时，按下“Stop”键，仪器当即中止工作。
3.集菌仪操作完毕
3.1封闭电源。
3.2取下不锈钢底座进行清洗。