用人单位遇到员工主动申请离职，但同时又不做工作交接的情况，可以采取以下几种措施应对，1、可以与其约定支付经济补偿金需要在完成工作交接之时支付。2、在单位的规章制度中就员工离职、辞职时办理工作交接作出规定。3、在单位规章制度中规定，若不办理工作交接，给单位造成了损失的，要承担相应的赔偿责任。
法律依据:
《中华人民共和国劳动合同法》 第五十条 劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。所以，为了确保劳动者能够按时交接工作，可以与其约定相关的经济补偿金等都于交接完毕时支付。