保证金质押合同不能对抗破产法。
质权的设立虽然在形式上完成了对标的物的占有转移，但这一效力并不及于所有权，质物在实质上仍归属出质人所有。当保证金担保出质人由于经营不善进入破产重组程序后，根据《中华人民共和国企业破产法》(以下简称“《破产法》”)相关规定，保证金账户内的金钱通常会被认定为债务人财产，质权人应当向破产管理人或清算组交付该财产。
依据《破产法》第30条关于破产债务人财产范围的界定，破产申请受理时属于债务人的全部财产，以及破产申请受理后至破产程序终结前债务人取得的财产，均为债务人财产。结合《最高人民关于适用中华人民共和国企业破产法若干问题的规定(二)》(法释〔2013〕22号，以下简称“《规定(二)》”)第3条之规定，债务人已依法设定担保物权的特定财产，人民应当认定为债务人财产。
一、公司破产了专利怎么办
公司破产申请受理后，专利作为公司的财产之一，由管理人接管，而管理人一般会通过拍卖、转让等方式处理专利，变现后清偿公司债务。
《中华人民共和国企业破产法》
第二十五条管理人履行下列职责：
(一)接管债务人的财产、印章和账簿、文书等资料；
(二)调查债务人财产状况，制作财产状况报告；
(三)决定债务人的内部管理事务；
(四)决定债务人的日常开支和其他必要开支；
(五)在第一次债权人会议召开之前，决定继续或者停止债务人的营业；
(六)管理和处分债务人的财产；
(七)代表债务人参加诉讼、仲裁或者其他法律程序；
(八)提议召开债权人会议；
(九)人民认为管理人应当履行的其他职责。
本法对管理人的职责另有规定的，适用其规定。
第一百一十二条变价出售破产财产应当通过拍卖进行。但是，债权人会议另有决议的除外。
破产企业可以全部或者部分变价出售。企业变价出售时，可以将其中的无形资产和其他财产单独变价出售。
按照国家规定不能拍卖或者转让的财产，应当按照国家规定的方式处理。
二、破产重整管理人职责
管理人制度的另外一个重要内容，是管理人选任之后的职责履行。企业破产法设置管理人制度的目的，在于顺利实施对债务人财产的管理和处分，以图持续营业（重整程序）或变价和分配债务人财产（清算程序）。由此，法律首先赋予管理人以一般性的权限，如债务人财产的接管和处分等（企业破产法第25条）。其次，为有效地实现破产制度的目的，法律还赋予管理人某些特别权限，如决定双方未履行合同的解除或继续履行、行使撤销权、接受债权申报等（企业破产法第1、32条、34条、3、39条、36条、4、第57条）。另外，重整程序中管理人享有主持债务人营业或监督债务人自行营业、监督重整计划执行的权限（企业破产法第73条、74条、90条）。破产清算程序中，法律则赋予管理人拟定和执行破产变价方案、分配方案的权限（企业破产法第111条以下）。
管理人履行其职责负有一定的义务或。
1、管理人负有向及债权人会议报告工作的义务（企业破产法第23条）。
2、管理人实施不动产的转让、营业转让、借款等对债权人利益有重大影响的财产处分行为时，应当及时向债权人委员会或报告，第一次债权人会议开始前实施的上述行为应当经的事前许可（企业破产法第26条、第69条）。
3、作为一般行为准则，管理人在履行其职责时，应当遵守勤勉尽责（即善管义务）、忠实执行职务（企业破产法第27条）。前者主要指善良管理人（第三人）注意、谨慎、认真、细致地处理管理事务；后者指管理人不通过管理行为谋取私利［1］（P．6－7）。管理人违反法律规定的上述义务时，将导致其更换（指定管理人的规定第33条、第34条）；同时还将依法被处以罚款；违反义务给债权人、债务人或者第三人造成损失的，承担赔偿责任（企业破产法第130条）。